生命科學研究所為國防醫學院與中央研究院、國家衛生研究院合辦之博士班研究所，目的在培養生命科學人材，提升生命科學之研究發展。民國80年11月奉教育部及國防部核准成立，81學年度招考第1屆研究生；目前設有分子細胞生物、系統生物及社會生物3個學科小組，甄試入學設有理工生物組。本研究所招生對象為凡經教育部立案之本國大學或符合教育部認可之國外大學或獨立學院研究所畢業得有碩士學位者，及自民國85學年度起，依教育部「報考大學同等學力認定標準」，招收以同等學歷報考大學博士班之研究生，修業期限2至7年。
參與之教學單位包含：
中央研究院：共八所˙生物醫學科學研究所 ˙生物化學研究所
˙分子生物研究所 ˙農業生物科技研究中心
˙植物暨微生物學研究所 ˙生物多樣性研究中心
˙細胞與個體生物學研究所 ˙基因體研究中心
國家衛生研究院：共十四所
˙生物技術與藥物研究組 ˙分子與基因醫學研究組
˙癌症研究所 ˙老人醫學研究組
˙臨床研究組 ˙生物統計與生物資訊研究組
˙醫學工程研究組 ˙環境衛生與職業醫學研究組
˙衛生政策研發中心 ˙疫苗研發中心
˙細胞與系統醫學研究所 ˙免疫醫學研究中心
˙精神醫學與藥物濫用研究組 ˙奈米醫學研究中心
國防醫學院：共十三所
˙醫學科學研究所 ˙藥理學研究所
˙牙醫科學研究所 ˙微生物及免疫學研究所
˙藥學研究所 ˙預防醫學研究所
˙公共衛生研究所 ˙海底醫學研究所
˙生物及解剖學研究所 ˙航太醫學研究所
˙生物化學研究所 ˙生理學研究所
˙病理暨寄生蟲學研究所
師資由國防醫學院各學系及各基礎學科助教授以上教學人員及中央研究院、國家衛生研究院專任助研究員以上研究人員擔任。
